高新技术企业在年度汇算清缴时，需要填报企业所得税年度纳税申报表，通常包括以下主要部分：

1. A系列报表：这是企业所得税年度申报的基础报表，包括A000000企业所得税年度纳税申报表、A100000企业所得税年度纳税申报表（A类，2017年版）等，用于汇总报告企业的收入、扣除、免税、减计收入、所得减免、抵免优惠、加计扣除等信息。

2. B系列报表：这部分报表详细列示了企业的收入、成本、费用、资产、负债等具体情况，例如B100000期间费用明细表、B105000资产折旧、摊销及纳税调整明细表等。

3. 特殊优惠事项相关报表：由于高新技术企业享受税收优惠，可能需要填写与高新技术企业相关的专项申报表，如高新技术企业优惠情况及明细表，用于证明企业符合高新技术企业的条件并计算相应的税收优惠。

4. 附表和其他相关资料：可能还包括企业研发费用加计扣除明细表、境外所得税收抵免明细表等，以及与高新技术企业资格相关的证书复印件等证明材料。

在申报过程中，企业应确保提供的信息真实、准确，并按照当地税务机关的具体要求和现行的税收法律法规进行填报。同时，企业需要在规定的申报期内完成申报，通常是在每年的5月31日前。如果高新技术企业的认定证书是在年度资产负债表日后取得的，那么相关的税收优惠影响应作为非调整事项在年度财务报表中披露，而不是在之前的报表中体现。