对于医院这样的事业单位，如果无形资产已投入使用但款项未全额支付，应当按照以下步骤进行会计处理：

1. 确认无形资产：无形资产应当按照成本进行初始计量，即使款项未全部支付。成本包括购买价款、相关税费以及直接归属于使无形资产达到预定用途的其他支出。未支付的款项记录在“应付账款”科目。

2. 摊销无形资产：自无形资产可供使用时起，按照预计使用寿命和合理的摊销方法（如直线法）进行摊销，摊销金额计入当期支出。

3. 支付剩余款项：当支付剩余款项时，借记“应付账款”，贷记“银行存款”。

请注意，如果无形资产的经济利益消耗与收入高度相关，或者合同中有特定的收入限制条款，摊销可能基于这些因素进行。然而，通常情况下，不应以收入为基础进行摊销，除非满足企业会计准则解释第(11)中列出的极少数例外情况。

此外，如果无形资产预期不能为企业带来经济利益，应将其账面价值转销，同时可能涉及资产减值的评估。