根据企业会计准则第20号-第三章 同一控制下的企业合并-第十二条，同一控制下企业合并形成的长期股权投资，合并方以支付现金、转让非现金资产或承担债务方式作为合并对价的，应在合并日按取得被合并方所有者权益在最终控制方合并财务报表中的账面价值的份额，借记本科目（投资成本），按支付的合并对价的账面价值，贷记或借记有关资产、负债科目。

在本案例中，B公司将A公司的全部股权转让给C公司，由于B和C公司属于同一控制下，这属于同一控制下的企业合并。因此，B公司在个别财务报表中应按照A公司在B公司账面上对应的长期股权投资账面价值1000万进行会计处理，即借记“长期股权投资”科目1000万，贷记“银行存款”等科目2000万，同时，因为C公司支付的对价超过了A公司的账面价值，所以B公司还需要借记“资本公积”科目1000万。

对于C公司而言，由于其支付了2000万购买A公司的股权，这笔交易在C公司的个别财务报表中应当借记“长期股权投资”科目2000万，贷记“银行存款”等科目2000万。

当集团将C公司整体转让给第三方时，需要根据C公司的账面价值和转让价格来确定会计处理。如果转让价格高于C公司的账面价值，则C公司在个别财务报表中应确认投资收益；如果转让价格低于C公司的账面价值，则应确认投资损失。具体的会计分录取决于转让价格和C公司账面价值的具体数额，以及是否存在其他相关的会计处理。