根据企业会计准则第33号-合并财务报表，合并财务报表应当反映母公司及其子公司的整体财务状况、经营成果和现金流量。在合并财务报表中，内部交易和余额应当予以抵销。

对于母公司向子公司收取的利息费用，在合并财务报表中，应当以不含税价格进行抵销。因为增值税是母公司对外部税务机关的负债，不属于内部交易的一部分。因此，合并财务报表中应当抵销的是不含税的利息收入和利息支出。

如果存在差额，这个差额应当是由于增值税的影响。在合并财务报表中，这个差额不应直接放在利息支出中，而是应当在合并过程中通过调整相应的增值税项目来处理。具体来说，母公司的增值税销项税额应当在合并财务报表中予以确认，而子公司的增值税进项税额则不能在合并财务报表中抵扣，因为这部分税额是对外部税务机关的负债。

因此，合并财务报表中的处理应当是： 1. 抵销母公司的利息收入和子公司的利息支出，均以不含税价格计算。 2. 确认母公司的增值税销项税额，但不抵扣子公司的增值税进项税额。 3. 差额部分反映在增值税相关项目中，而不是直接计入利息支出。

这样的处理方式符合企业会计准则对合并财务报表的要求，确保了合并财务报表反映的是集团整体的财务状况，而不是内部交易的税务影响。