根据企业会计准则第9号——职工薪酬（2014）-第二章 短期薪酬-第七条，企业为职工缴纳的医疗保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金，以及按规定提取的工会经费和职工教育经费，应当在职工为其提供服务的会计期间，根据规定的计提基础和计提比例计算确定相应的职工薪酬金额，并确认相应负债，计入当期损益或相关资产成本。

在本案中，上海隆源供电服务有限公司将农电职工社会保险费通过其银行账户支付至上海市农电运营有限责任公司，再由后者交至社保专用账户。这种操作方式涉及到社会保险费的支付和会计处理。根据上述准则，隆源供电服务公司应当在其会计期间内，根据规定的计提基础和比例，计算并确认相应的职工薪酬负债，并将其计入当期损益或相关资产成本。

此外，由于上海市农电运营有限责任公司是一个虚拟机构，没有营业执照和实体，但其开立了银行账户并具有虚拟税号，这种情况下，隆源供电服务公司和崇明农电管理公司每月共同存入社保资金，并通过税务渠道完成社保缴费扣款。这种操作需要确保符合相关的财务和税务规定，以避免违反内控要求和相关法律法规。

因此，隆源供电服务公司在处理社会保险费的支付和会计记录时，应确保遵守企业会计准则和相关法律法规，同时加强内部控制，确保所有财务操作的合规性和透明度。