根据企业会计准则第39号——公允价值计量(2014)-第三十一条，企业应当从市场参与者的角度确定非金融资产的最佳用途。通常情况下，企业对非金融资产的现行用途可以视为最佳用途，除非市场因素或者其他因素表明市场参与者按照其他用途使用该资产可以实现价值最大化。

选项A中，企业应考虑市场参与者将写字楼用于公寓出租是否能实现价值最大化，而不仅仅是基于旁边的公寓出租情况良好。

选项B中，企业应考虑市场参与者是否具备必要的技术来配合软件资产达到最佳用途，而不是基于企业自身是否具备这些技术。

选项C中，由于政府禁止在保护区内进行房地产开发，因此不能以房地产开发作为最佳用途估计公允价值，这与准则中考虑法律上是否允许的条款相符。

选项D中，企业应考虑将土地用于建造住宅是否能在扣除相关成本后实现价值最大化，而不仅仅是基于建造住宅的潜在价值。

因此，正确答案是C。