根据提供的参考条款，关于居间费用超过100万如何入账以减税降费的问题，可以采取以下两种方式：

1. 个人代开：个人在税收优惠园区内申请代开发票给甲方合作公司，以经营所得核定征收，综合税负在2.5%-3.5%。一个人一年可开500万，开完发票就会出具相应的完税凭证。这种方式的优势在于开票快，税负低，品目广泛。

2. 个体工商户核定征收：在优惠园区内注册个体工商户，申请核定征收纳税，使用个体户去承接居间业务。个体户没有企业所得税，个税核定征收，税率在0.6%-1%，增值税今年减按1%，综合税负在2.5%-3%，一年可开票500万内。

对于1000万元的居间费，如果金额太大，一年都有1000万了，还可以考虑一般纳税人企业的返税退税优惠。这些方式都是可以真实落地的，可以有效降低税负。