根据企业会计准则，母公司与子公司、子公司相互之间的内部交易在编制合并财务报表时应当予以抵销。在乙公司购买丙公司的设备并将其融资租赁出去的情况下，乙公司确认了长期应收款。在甲公司合并报表中，应抵销乙公司和丙公司之间的内部交易，包括销售设备的营业收入和营业成本，以及相关的未实现内部销售损益。

如果设备尚未对外部独立第三方出售，那么在合并报表中，甲公司不应按照合并层面的固定资产重新计算长期应收款。长期应收款的账面价值应保持不变，但需要调整以反映未实现的内部销售损益。具体处理方式是，甲公司在合并财务报表中，借记“营业收入”，贷记“营业成本”和“长期应收款”，以抵销内部交易的影响。同时，如果设备的账面价值低于其在丙公司的成本，甲公司还需要考虑是否需要调整固定资产的账面价值，以反映未实现的内部销售损失。

需要注意的是，长期应收款的摊销应继续按照乙公司实际利率法计算，但在合并报表中，可能需要调整与未实现内部交易损益相关的利息收入或费用。如果设备的账面价值低于其在丙公司的成本，甲公司可能需要确认一项资产减值损失，以反映这一差异。