小规模纳税人公司在注销时，通常需要进行以下步骤：

1. 公司清算：首先，公司需要进行清算，包括停止经营活动、了结业务、处理民事诉讼、清理债权债务，并分配剩余财产。

2. 社保账户注销：前往社保局核查并确保没有未缴清的社保费用，然后注销公司的社保账号。

3. 税务注销：检查是否有未缴清的税款，注销国税和地税登记。

4. 登报公示：在报纸上发布注销公告，告知公众公司即将注销。

5. 注册资本清算：确保公司的注册资本已全部到位，如有未缴部分，可能需要补缴。

6. 注销备案：在工商行政管理部门办理公司注销备案。

7. 开户许可证和银行账户注销：取消公司开户许可证和所有银行账户。

8. 注销印章：在公安机关注销公司的法律效力印章。

每个步骤可能需要提交相应的申请材料。请确保在每个阶段都符合当地法律法规的要求。