在上线和实施MES（Manufacturing Execution System，制造执行系统）项目的过程中，如果前期支付了进度款，这部分支出应按照会计准则记作资本性支出，因为它与固定资产的构建或改良直接相关。根据会计处理的一般原则，可以按照以下方式入账：

1. 当支付预付款项时，借记在建工程的资本性支出，贷记银行存款或其他相关账户，如零余额账户用款额度。随着项目的进展，当收到工程款发票或确认工程进度时，借记在建工程（如MES系统建设投资），贷记预付工程款（如果有的话，也可以直接贷记在建工程——MES系统建设投资）。

具体会计分录可能如下： 1. 借：资本性支出 2. 贷：银行存款/零余额账户用款额度

这反映了实际发生的支出，同时也记录了工会在建工程的实际成本。当MES系统建设完成并投入使用后，再将此在建工程成本转到固定资产，同时调整资产基金。

请注意，具体的会计处理应当根据实际发生的金额和付款方式进行，确保符合收付实现制或权责发生制的要求，具体取决于适用的会计制度和工会会计制度的规定。