在决定是将个人独资企业注销并将股权转让给公司还是自然人之前，需要考虑以下几个因素来评估哪个方案更优：

1. 税务影响：转让给公司或自然人可能涉及不同的税务处理。转让给公司可能涉及企业所得税，而转让给自然人可能涉及个人所得税。需要了解清楚相关的税收优惠政策和法规，以确定哪种方式的税务成本更低。

2. 法律程序：注销个人独资企业并转让股权涉及一定的法律程序，包括清算、股权转让、工商变更登记等。需要评估这些程序的复杂性和费用。

3. 控制权和治理结构：如果个人独资企业拥有对有限责任公司的控制权，那么在注销前，需要考虑新的股权结构是否会影响有限责任公司的治理和运营。

4. 商业目标：根据个人独资企业所有者的商业目标，如是否希望保持对有限责任公司的影响力，或者是否有意退出并套现，这可能影响最佳的转让路径。

5. 市场环境：当前的市场环境和经济状况也可能影响决策，比如，如果市场对有限责任公司的估值有积极预期，可能更倾向于转让给公司以获取更高的价值。

在做出决策之前，建议咨询专业顾问，包括律师和会计师，以确保理解所有相关的法律和税务后果。此外，个人独资企业所有者应确保在注销和股权转让过程中遵守所有适用的法律和规定，以避免潜在的法律风险和税务问题。