在编制合并财务报表时，如果关联公司之间的交易导致一方在年底打款，而另一方在下年初才确认收入，这种情况下，需要按照企业会计准则进行调整和抵销处理。根据准则，内部交易的未实现损益应在合并报表中予以消除。

具体来说，如果关联公司在年底发生了销售，但款项在下一年才收到，合并报表中应该做以下处理：

1. 首先，将关联公司之间的应收账款和应付账款进行抵销。这通常体现在合并工作底稿的抵销分录中，借记“应付账款”，贷记“应收账款”。

2. 如果关联公司之间的交易涉及存货，且存货在报告期末仍未对外销售，那么未实现的利润（或亏损）应通过调整存货成本来消除。这意味着，存货的价值将被调整为市场价格，而不是内部转移价格。

3. 对于跨年度的未结算项目，可能需要调整年初的财务报表项目，以反映这笔交易的经济实质。

4. 如果涉及的款项是长期应付款或长期应收款，那么未确认的融资费用可能需要进行摊销调整，以反映实际的利息费用。

5. 在合并利润表中，内部交易的利润应予抵销，以免高估合并利润。

6. 在合并资产负债表中，相关的资产和负债应以净额列示，除非它们不符合抵销后以净额列报的条件。

请注意，具体的会计处理可能会因交易的具体情况和适用的会计政策而有所不同，需要根据实际情况进行判断。在编制合并报表时，应确保遵循企业会计准则的相关规定，并充分披露相关信息。