根据企业会计准则，当投资方的子公司与联营企业发生逆流交易时，投资方在合并报表层面需要考虑抵销未实现的内部交易损益。具体处理如下：

1. 投资方在个别报表层面按照权益法核算时，不考虑子公司与联营企业之间的逆流交易未实现损益的抵销影响。

2. 在合并报表层面，投资方应将子公司和联营企业视为一个整体。对于逆流交易，即联营企业向子公司出售资产，投资方应抵销子公司因该交易产生的未实现内部交易损益。未实现内部毛利的金额应按照投资方对联营企业的持股比例计算，并调整长期股权投资的账面价值。

3. 投资方在合并报表附注中披露的“长期股权投资—权益法下确认的投资收益”金额可能与利润表项目“投资收益－采用权益法核算的投资收益”金额不同，因为后者需要扣除个别报表层面因未实现内部交易损益调整的金额。

4. 对于个别报表层面确认投资收益时减去的未实现毛利部分，虽然在合并报表层面进行了调整，但在合并报表附注中，这部分调整仍然会反映在长期股权投资的本期增减变动的“损益调整”项。

因此，逆流交易在合并报表层面的会计处理涉及抵销未实现的内部交易损益，以准确反映投资方对联营企业的投资收益。