员工购买书籍如果是为了提升工作技能或专业知识，通常应视为职工教育支出，并根据企业会计准则的规定，这部分支出应计入“应付职工薪酬——职工教育经费”。如果企业没有将其计入“应付职工薪酬——职工教育经费”，而是进行了其他处理，这可能不符合准则的要求。职工教育经费是用于职工教育和培训的专项费用，应当在职工提供服务的会计期间确认为费用，并相应增加应付职工薪酬的账面余额。

然而，如果书籍的购买不是企业组织的，而是员工个人自发的行为，且不是企业教育计划的一部分，那么这种情况下企业可能不需要将其计入职工教育经费。但即便如此，如果企业鼓励或认可这种行为，并且有政策支持报销或补偿此类费用，那么根据政策的具体内容，可能仍然需要将其纳入职工薪酬处理。

因此，是否合理取决于具体情况和企业的相关政策。如果企业有明确的政策规定，员工个人购买的书籍不计入职工教育经费，那么这种做法可能是合理的。否则，根据会计准则，应将这类支出纳入职工教育经费核算。