根据企业所得税法的相关规定，自然人股东将其持有的股权转让给其100%控股的法人公司，这种情况下，股权转让所得一般仍需要缴纳个人所得税。因为个人转让股权取得的收益属于“财产转让所得”，通常按照20%的税率计算缴纳个人所得税。尽管接收方是自然人股东控制的公司，但这并不改变股权转让的性质，个人股东仍然需要就转让收益缴税。具体税款的计算应以股权转让收入减去股权的原值和合理税费后的余额为应纳税所得额。

然而，具体的税务处理可能会因不同地区的税法解释和地方性政策而有所差异，建议咨询当地的税务机关或专业税务顾问以获取最准确的税务指导。