合伙企业出租厂房需要缴纳的税种主要包括增值税、房产税、城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。如果该合伙企业是小规模纳税人，根据现行增值税政策，月销售额不超过9万元的，可以免征增值税。但请注意，这个免税政策可能会随着税法的调整而变化，所以应以最新的税法规定为准。

房产税通常是按照房产原值减除一定比例后的余值或者租金收入来计算的。城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加则是基于实际缴纳的增值税额来计算的。如果免征了增值税，这些附加税通常也会相应免征。

在进行具体的税务处理时，企业应根据当地税务局的具体指导和当前有效的税收优惠政策来操作。如果月收入确实不超过9万元，并符合当时的免税条件，那么在该期间内，合伙企业可能不需要为厂房出租缴纳增值税，但其他税费如房产税等仍需正常申报和缴纳。