医院在无形资产已投入使用但尚未全额支付款项的情况下，应当根据企业会计准则进行以下会计处理：

1. 确认无形资产：当无形资产满足确认条件，即预期能为医院带来经济利益且成本可可靠计量时，即使款项未全部支付，也应将无形资产入账。入账金额为合同约定的价值或公允价值。

借：无形资产（合同约定价值或公允价值） 贷：应付账款（已支付的金额） 预付账款（未支付的金额）

1. 摊销无形资产：无形资产开始使用后，应按期进行摊销，摊销金额根据预计使用寿命和摊销方法计算。

借：事业支出/管理费用（根据无形资产的用途） 贷：累计摊销

1. 支付剩余款项：当支付剩余款项时，

借：应付账款/预付账款（根据实际情况） 贷：银行存款

请注意，医院作为事业单位，其会计处理可能与企业有所不同，但基本的会计原则相似，即需要确认无形资产并按期摊销。具体的会计科目和处理方式应参照事业单位会计制度。