认定层次的实质性方案和综合性方案是审计程序设计的两种不同方法，它们主要应用于财务报表审计中。

实质性方案： 实质性方案侧重于通过大量的实质性测试来直接验证财务报表账户余额和交易的真实性。这种方案通常在评估的重大错报风险较高时采用，因为此时需要更多的证据来支持审计结论。实质性测试可能包括细节测试、重新计算、函证、观察和检查等。

综合性方案： 综合性方案则结合了控制测试和实质性测试，它假设控制环境有效，因此在审计过程中会更多地依赖内部控制来减少实质性测试的范围。如果控制测试结果表明内部控制运行有效，审计师可以减少对账户余额和交易的实质性测试，因为内部控制能够防止或发现并纠正重大错报。

两者的区别在于对内部控制的依赖程度和实质性测试的范围。在综合性方案中，审计师会先评估内部控制的有效性，如果控制有效，则可以减少实质性测试；而在实质性方案中，实质性测试是主要的证据收集手段，对内部控制的依赖相对较小。

根据《中国注册会计师审计准则》的规定，审计师应当根据对被审计单位风险评估的结果来选择合适的审计程序组合，以确保能够获取充分、适当的审计证据。