公司A可以委托公司B代付农民的征地补偿款，这种交易通常按照企业间的金融安排来处理。如果公司B承担合同义务在约定还款日无条件向农民偿还代付本金和利息，那么公司B应当按照《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》将相关交易作为向农民发放贷款处理。如果公司A在申请人到期未能偿还代付本金和利息的情况下，才向公司B无条件偿还代付本金和利息，那么对于相关交易中的担保部分，公司A应按照《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》对财务担保合同的规定处理；对于代理责任部分，公司A应按照《企业会计准则第14号——收入》处理。公司B则应将相关交易作为对农民发放贷款处理。