根据企业会计准则及相关税务规定，工程分公司在跨省承包工程时，所得税的缴纳地点取决于具体的税务规定和合同条款。通常情况下，企业所得税应在企业注册地或主要经营地缴纳。但是，如果工程分公司在异地有常设机构或者按照税务规定需要在工程所在地缴纳所得税，那么所得税应在工程所在地缴纳。

具体操作时，工程分公司应咨询当地税务机关，了解跨地区经营的税务处理规定，包括是否需要在工程所在地预缴企业所得税，以及如何进行税务申报和结算。同时，工程分公司应确保按照规定开具外管证，并在工程所在地进行税务登记，以便合法合规地处理税务事宜。

综上所述，所得税的缴纳地点应根据税务规定和实际情况确定，可能在外省也可能在本地，工程分公司应遵循相关税务规定进行处理。