根据企业会计准则第14号——收入，企业应当根据其在合同中的履约义务来确认收入。在这个案例中，您公司作为总承包项目的牵头方，负责前期可研、咨询、采购设备和设计，而施工部分则分包给其他单位。您公司应当根据提供的服务和完成的履约义务来确认相应的收入。

关于开票问题，根据《中华人民共和国发票管理办法》和相关税务规定，企业提供服务或销售商品时，应当向购买方开具发票。由于您公司是总承包项目的牵头方，负责向甲方开具发票，因此需要按照税务规定开具相应的发票。

至于是否需要开具外管证，这取决于项目的具体情况和税务规定。通常情况下，如果项目涉及跨地市的业务，可能需要办理外管证。建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保符合所有税务规定和要求。