根据企业会计准则，当需要从质保金中扣除部分款项用于工程的后续维修时，应进行以下账务处理：

1. 首先，确认维修费用： 借：在建工程 - 待摊投资（或相关费用科目） 贷：预计负债（或维修费用科目）

2. 然后，从质保金中扣除这部分费用： 借：预计负债（或维修费用科目） 贷：应付账款 - 质保金

这样，既反映了维修成本，又确保了质保金的正确使用。请注意，具体的会计处理可能会根据实际情况和公司的会计政策有所不同，例如，如果质保期已过且满足收入确认条件，可能需要将质保金转为收入并相应冲减维修费用。