在计算土地增值税清算时，房地产开发企业可以扣除的房地产开发成本通常包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费以及开发间接费用等。在本例中，企业发生的成本包括：

1. 土地征用费：500万元
2. 前期工程费：500万元
3. 建筑安装工程费：5000万元
4. 基础设施费：200万元
5. 开发间接费：100万元

根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号），开发费用的扣除有以下两种情况：

• 如果能够按转让房地产项目计算分摊利息支出并提供金融机构证明，允许据实扣除，但最高不超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。
• 若不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。

题目中提到的开发费用为1000万元，但没有提及是否能提供金融机构的利息证明。若不能提供利息支出的金融机构证明，开发费用的扣除上限为（500万元+500万元+200万元+100万元）的10%，即800万元的10%，等于80万元。

因此，扣除的房地产开发成本总额为： 500万元（土地征用费）+ 500万元（前期工程费）+ 5000万元（建筑安装工程费）+ 200万元（基础设施费）+ 100万元（开发间接费）+ 80万元（扣除限额内的开发费用）= 6100万元

所以，该企业进行土地增值税清算时可以扣除的房地产开发成本的金额为6100万元。选项中没有6100万元的选项，但根据扣除规则，6100万元是最接近的扣除金额。因此，最接近的正确答案是C、6300万元，尽管这个数字比实际可以扣除的金额略高。