根据企业会计准则第14号——收入（2017）-第五章 特定交易的会计处理-第三十四条，企业应当根据其在向客户转让商品前是否拥有对该商品的控制权，来判断其从事交易时的身份是主要责任人还是代理人。如果企业在向客户转让商品前能够控制该商品，该企业为主要责任人，应当按照已收或应收对价总额确认收入；否则，该企业为代理人，应当按照预期有权收取的佣金或手续费的金额确认收入。

在您提供的案例中，甲方代理作为中间方，联通集团支付给甲方代理每个推广50元，而甲方代理再支付给您的公司49元。这里甲方代理的角色可能是作为代理人，因为他们并不控制联通集团的服务，而是仅仅在联通集团和您的公司之间进行中介服务。

关于甲方代理只能开具利润部分的发票而不能开具全额发票的问题，这取决于甲方代理与联通集团以及您的公司之间的具体协议以及相关税法规定。通常情况下，企业应当根据实际交易的性质和实质来开具发票。如果甲方代理确实是作为代理人，并且只对其代理服务的利润部分负责，则可能只需要对这部分利润开具发票。然而，这需要考虑具体的合同条款以及税务规定，建议咨询专业的税务顾问或审计师来获取更准确的指导。