销售额在增值税纳税申报表上小于财务报表上的主营业务收入，可能由以下原因导致：

1. 会计确认时间差异：根据企业会计准则，收入可能在满足收入确认条件时就被记录，而增值税的计算可能基于货物或服务的实际交付，这可能导致财务报表上提前确认了收入，但增值税还未计算。

2. 非增值税应税项目：主营业务收入可能包含了非增值税应税的收入，比如提供的一些服务可能在税法上不需要缴纳增值税。

3. 差额征税：某些业务可能采用差额征税，即以销售额减去可抵扣的成本或费用后的余额作为计税基础，这可能导致增值税申报的销售额小于财务报表上的收入。

4. 销售退回和折扣：财务报表可能已经全额确认了销售收入，但之后发生了销售退回或给予了客户折扣，这在增值税申报时会相应减少销售额。

5. 税收优惠：小微企业可能在达到一定销售额之前享受增值税免税，因此财务报表上确认的收入可能高于申报表上的销售额。

6. 会计政策的差异：会计准则允许企业在符合一定原则的情况下采用不同的收入确认方法，这可能导致与税法规定的销售额计算方法不同。

7. 未开具发票的销售：财务报表可能已经确认了未开具发票的销售，而增值税申报通常基于已开具发票的销售。

这些差异需要在企业的财务报告中进行适当披露和解释。