根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）-第二章 合并范围-第二十五条，当母公司由非投资性主体转变为投资性主体时，除仅将为其投资活动提供相关服务的子公司纳入合并财务报表范围编制合并财务报表外，企业自转变日起对其他子公司不再予以合并。此外，根据企业会计准则第20号——企业合并（2006）-第三章 非同一控制下的企业合并-第十六条，购买方应当以所确定的暂时价值为基础对企业合并进行确认和计量。购买日后12个月内对确认的暂时价值进行调整的，视为在购买日确认和计量。

在本案中，A公司虽然已支付了50%的股权对价款，但尚未完成工商执照变更，这意味着A公司尚未完全控制B公司的财务和经营政策，也未完全享有相应的收益并承担相应的风险。因此，根据上述准则，A公司目前不能将B公司并入其合并财务报表中。A公司需要等待所有必要的法律手续和财务控制权的转移完成后，才能将B公司纳入合并财务报表。