根据企业会计准则及相关规定，工程分公司在跨省承包工程时，需要进行跨区域涉税事项的处理。具体操作包括：

1. 开具外管证（外经证）：工程分公司需要向税务机关申请开具外经证，以证明其在异地进行工程承包的合法性。

2. 税务登记：在工程所在地进行税务登记，按照当地税务机关的要求进行纳税申报和缴纳税款。

3. 账务处理：根据实际发生的成本和收入，进行相应的会计处理。涉及增值税的，应按照增值税核算制度进行账务处理，包括但不限于确认进项税额、销项税额等。

4. 跨区域涉税事项报告：工程分公司应按照规定向原税务机关报告跨区域涉税事项，并提供相关证明材料。

综上所述，工程分公司在跨省承包工程时，应按照相关规定和流程进行税务处理，确保合法合规地进行纳税申报和缴纳税款。