资源税是对在我国境内开采应税矿产品和生产盐的单位和个人，就其应税资源税产品销售和自用的数量为计税依据征收的税种。对于原煤资源税，如果采用充填开采方式，根据《财政部 税务总局关于实施充填开采方式治理后的煤炭减征资源税政策的通知》，符合条件的充填开采煤炭可减征50%的资源税。

M公司当月销售原煤5,000吨，取得含税收入400万元，首先需要将含税收入转换为不含税收入，这需要考虑增值税的影响。假设增值税率为13%，则M公司的不含税收入为400万元除以（1+13%），即400/1.13=356.52万元。

原煤资源税税率为6%，但由于采用的是充填开采方式，所以资源税减半征收，即税率为3%。因此，M公司应缴纳的资源税金额为不含税销售收入乘以减半后的税率，即356.52万元*3%=10.696万元。

所以，M公司应缴纳的资源税金额接近10.7万元，最接近的答案是A、10.62万元。